Au XVIème siècle le pont est doté d'une tour à horloge, le jacquemart, comme le montre l'illustration ci-contre. Des maisons et des commerces s'installent sur ses piles comme à Paris ou à Florence. Le 14 Novembre 1651, les eaux s'élevèrent à plus de 6m 50 au dessus de l'étiage, et emportèrent la tour du pont ainsi que deux arcades. Le maître horloger, sa femme et ses trois filles, ainsi que ses domestiques, n'ayant pu sortir, périrent noyés.
Pendant le temps de la reconstruction, un pont de bateaux est mis en place, entre la rue du Boeuf et la rue St Laurent. Une deuxième inondation très violente se produit le 30 Novembre de la même année. Ce sont successivement 6 reconstructions qui vont être nécessaires pour maintenir ce moyen de franchissement de l'Isère opérationnel !
La reconstruction du pont en 1651 exigea la mise en place d'un péage de 25 ans pour son financement, péage qui fut prorogé par lettre de Colbert en 1682. Le pont était alors en pierre. Mais on note qu'en 1733, une pile et deux arcades du Pont de bois sont emportées par une nouvelle crue.